Вступление Армении в Таможенный союз вызвало недовольство Азербайджана. В связи с этим последним был выражен официальный протест.
По мнению азербайджанских властей, прежде чем вступать в Таможенный союз, Армении следует урегулировать вопрос, касающийся конфликта в Нагорном Карабахе. При этом, по словам заведующего отделом по общественно-политическим вопросам администрации президента Азербайджана Али Гасанова, под «урегулированием» понимается «освобождение оккупированных азербайджанских земель».
В комитете Государственной Думы РФ по делам СНГ, евразийской интеграции и связям с соотечественниками выразили несогласие с позицией азербайджанской стороны, отметив при этом, что хотя и не считают нагорно-карабахский конфликт препятствием на пути к вступлению Армении в ТС, все же данный фактор будет учтен.
